Résistance génotypique chez les patients infectés par le VIH présentant une virémie à bas niveau détectable de façon persistante et recevant un traitement antirétroviral hautement actif

Contexte Les limites techniques de la sensibilité des méthodes de génotypage commerciales peuvent empêcher les cliniciens de déterminer si le virus de l’immunodéficience humaine résistant au VIH de type VIH est présent chez les patients présentant une virémie faible. / mL pour mieux définir la prévalence de la pharmacorésistance et les mutations de résistance les plus courantes lors d’une virémie persistante de bas niveau détectable. Méthodes Le génotypage du VIH a été réalisé avec une méthode de génotypage clonale ultrasensible. Résultats Nous avons étudié des patients présentant une virémie persistante, détectable et faible. Les mutations les plus fréquentes étaient les mutations MV, KR et ML / TYC La découverte de mutations de résistance cliniquement significatives chez certains patients atteints de virémie persistante, mais pas chez tous les patients, – copies / mL souligne la nécessité d’améliorer la sensibilité vité des essais cliniques actuels pour la détection de la résistance aux médicaments

Pour le & gt; millions de personnes infectées par le VIH, le meilleur espoir de retarder la progression de la maladie et de prolonger la survie réside dans le traitement par HAART, qui consiste en des combinaisons de médicaments inhibant la transcriptase inverse du VIH, la protéase ou le virus lui-même. Cette réduction de la virémie permet un degré considérable de reconstitution immunitaire chez la majorité des patients Bien que les bénéfices du traitement HAART pour réduire la morbidité et la mortalité soient clairs , de nombreuses questions subsistent quant à son utilisation optimale Défaillance de HAART caractérisée par des pVL persistantes & gt; copies / mL peut être causé par une mauvaise observance du traitement , une biodisponibilité ou une activité antirétrovirale insuffisante ou une résistance aux médicaments antirétroviraux Le nadir pVL pendant le traitement est prédictif de la durée de suppression de la virémie . réduire la virémie VIH-ARN à & lt; copies / ml par mois après le début du traitement De nombreux essais cliniques ont montré que la longévité de la réponse à long terme est améliorée chez les patients qui atteignent et maintiennent un pvL de nadir de & lt; copies / ml, comparé à ceux avec nadir pVL de – copies / mL Ainsi, suppression à & lt; copies / mL est l’objectif de la thérapie actuelle Une fois un nadir pVL de & lt; Dans la plupart des études, ces épisodes n’ont pas été corrélés avec l’échec virologique Cependant, chez les patients ayant une virémie auparavant indétectable recevant un traitement antirétroviral, ~% par an présentera par la suite une virémie persistante, détectable, de bas niveau qui conduit souvent à un échec virologique manifeste si le traitement HAART n’est pas altéré [, -] L’échec virologique associé à une virémie détectable semble être lié au Gunthard et al ont trouvé des preuves d’évolution de la résistance génotypique chez des patients ayant une pVL cohérente de copies / mL Parkin et al ont évalué rétrospectivement les génotypes du VIH dans une étude longitudinale impliquant des patients enrôlés dans une récupération de médicaments essai de thérapie et a démontré que la résistance aux médicaments pouvait être détectée à des charges virales de & lt; copies / mL et que l’échec du régime de récupération était généralement associé à une évolution précoce de la résistance aux médicaments Aleman et al ont examiné rétrospectivement les génotypes du VIH chez les patients recevant un HAART qui présentaient un pvL nadir de & lt; copies / mL, mais qui ont ensuite présenté une virémie persistante de bas grade & lt; copies / mL ou une augmentation lente à & lt; copies / mL, et ont montré que l’échec du traitement, même pendant une virémie faible, peut entraîner l’émergence de nouvelles mutations de résistance aux médicaments. Bien qu’il y ait un consensus sur le fait que les patients , on ne sait pas si des virus résistants sont présents chez ces patients et si l’analyse génotypique ou phénotypique de la résistance améliorerait la prise en charge clinique de ces patients Actuellement, les essais cliniques de résistance échouent souvent à produire des résultats lorsque le pVL est & lt; copies / mL Dans des études précédentes, nous avons montré qu’il est possible d’obtenir des informations génotypiques même lorsque le pVL est & lt; copies / mL Dans la présente étude, nous avons utilisé cette méthode de génotypage sensible pour évaluer l’ampleur de la résistance chez les patients recevant un traitement antirétroviral qui présentaient des PVV successives de – copies / mL

Patients et méthodes

Population de patients Les patients ont été identifiés en collaboration avec des professionnels de la santé à la clinique Moore de l’hôpital Johns Hopkins de Baltimore, MD. Tous les participants à l’étude ont donné leur consentement éclairé. Les patients ont été sélectionnés sur la base des critères suivants: – infection, avec un pVL de & gt; copies / ml à un moment donné pendant l’infection pour exclure les patients qui contrôlent naturellement la virémie; traitement au moyen d’un traitement HAART stable pendant au moins les mois précédant le génotypage, au cours desquels l’administration de médicaments de la même classe que ceux que le patient recevait déjà, par exemple, ajout d’abacavir à un régime de zidovudine, lamivudine et éfavirenz et substitution de médicaments. dans la même classe, par exemple, la substitution du lopinavir / ritonavir au saquinavir et au ritonavir était autorisée; virémie de – copies / mL pendant au moins des mois, avec un minimum de PVV consécutives dans cette plage de patients pourraient avoir des PVV de & lt; copies / mL ou & gt; copies / mL pendant la période étudiée, mais la dernière pVL au cours du suivi clinique de routine doit avoir été retournée à – copies / mL avant le génotypage; et pour les patients qui ont récemment commencé un nouveau régime HAART, le pVL doit avoir rebondi à partir du niveau de nadir pour exclure les patients qui atteignaient lentement un pVL de & lt; copies / ml après le début de la quantification de l’ARN plasmatique HAARTHIV- Les tests d’ARN du VIH plasmatique avec une limite inférieure de détection des copies / ml ont été effectués par Roche Amplicor Monitor System ultrasensible. Roche Diagnostic SystemsAmplification et séquençage du polgène VIH des spécimens plasmatiques. réalisée par une modification d’une méthode de génotypage décrite ailleurs Du sang a été prélevé sur des adultes infectés par le VIH avec un anticoagulant acide-citrate-dextrose, et le plasma a été séparé sur un gradient Ficoll et filtré pour éliminer toute cellule contaminante. Les virions ont été lysés dans des conditions dénaturantes, et l’ARN viral a été isolé avec une méthode de liaison à la membrane de gel de silice commerciale standard QIAamp Viral RNA Minikit; Qiagen L’ARN isolé a été traité avec DNase I pour s’assurer que les séquences de VIH amplifiées étaient dérivées de l’ARN viral et non de l’ADN contaminant Un fragment d’ADN complémentaire a été synthétisé à partir de l’ARN viral et le produit ADNc a été amplifié séparément pour la protéase et RT des segments du gène pol avec une transcriptase RT-PCR de la RT-PCR Superscript II RNase H-reverse avec de l’ADN polymérase platine taq de haute fidélité; Invitrogen Afin de garantir une seule analyse clonale virale, l’ADN isolé a ensuite été cloné avec le kit de clonage Zero Blunt TOPO PCR Invitrogen et séquencé. Analyse de la séquence et contrôle de qualité Comme l’analyse génotypique du petit nombre de virions nécessitait une amplification extensive par PCR, éviter les problèmes potentiels de contamination croisée et d’erreurs générées par PCR Un regroupement spécifique des séquences du virus plasmatique a été observé, confirmant l’origine attendue des séquences. L’indépendance des clones obtenus du même patient a été établie sur la base des critères décrits Les bases de données sur les séquences de VIH de Los Alamos et la base de données sur les séquences de protéase de Stanford ont permis d’analyser les mutations de résistances médicamenteuses connues. La résistance significative était définie comme un modèle génotypique incluant au moins une résistance génotypique primaire. mutation affectant ⩾ des agents antirétroviraux dans le régime HAART actuel nAnalyse statistique Le test χ a été utilisé pour comparer des variables catégorielles, et le test de Wilcoxon a été utilisé pour comparer des variables continues. L’analyse statistique a été réalisée par SAS SAS Institute nausées et vomissement.

Résultats

Au moyen d’une méthode de génotypage clonale sensible, nous avons analysé les mutations de pharmacorésistance chez des isolats de VIH provenant de patients recevant un HAART qui présentaient une virémie persistante, détectable et de bas niveau pour une durée médiane de mois, mois tableau A moyenne d’échantillons avec pVL de – copies / gamme ml, – des mesures ont été collectées chez chaque patient pendant la période d’étude Le génotypage a révélé que% des patients avaient des isolats avec une résistance génotypique significative au moins au traitement antirétroviral dans le régime HAART qu’ils recevaient actuellement. inhibiteurs RT nucléosidiques / nucléotidiques Les INTI avaient des isolats résistants aux INTI,% des patients recevant un inhibiteur non nucléosidique RT NNRTI présentaient des isolats résistants aux INNTI et% des patients recevant un inhibiteur de la protéase IP présentaient des isolats résistants aux IPP Deux% des patients avaient des isolats résistants aux classes de médicaments antirétroviraux et% d’isolats ayant une résistance aux classes Deux patients% d’isolats avec des mutations génotypiques de résistance qui conféraient une résistance à tous les médicaments dans leur régime HAART Tous les isolats résistants avaient une certaine résistance à la RT; des patients avaient des isolats résistants aux INTI et des isolats résistants aux INNTI Les mutations les plus courantes de la TI étaient les mutations MV, KR et ML / TY; chacun de ces patients était présent chez un tiers des patients avec un tableau d’isolats résistants. Les patients porteurs d’un VIH résistant recevaient une médiane de médicaments antirétroviraux pendant l’étude et, pour ces patients, il y avait des preuves génotypiques de résistance à une médiane médicaments antirétroviraux qu’ils recevaient

Tableau View largeTéléchargement de diapositive antécédents de traitement, les niveaux de virus plasmatiques pVLs, et les mutations de résistance aux médicaments chez les patients avec persistante, détectable, bas niveau viremiaTable View largeDownload slideL’histoire du traitement, les niveaux de virus plasmatiques pVL, et les mutations de résistance aux médicaments chez les patients persistants, détectables, bas niveau virémie Les patients ayant des isolats présentant des mutations de résistance avaient déjà été exposés à des médicaments antirétroviraux avant d’initier le régime actuel. Il était donc possible que les mutations de résistance détectées aient été sélectionnées par thérapie antérieure plutôt que par thérapie reçue au cours de l’étude. Par exemple, dans un isolat provenant d’un patient, qui n’avait pas d’antécédents d’échec virologique lors de la réception des INTI, la mutation KR a été détectée. Cette mutation a été détectée. confère une résistance intermédiaire à la lamivudine, à l’abacavir et au tenofo vir DF, tous administrés au patient pendant la période d’étude Sauf transmission ou surinfection par un virus résistant, nos résultats sont cohérents avec la sélection des mutations de résistance au cours de la virémie détectable de bas niveau. L’utilité potentielle du génotypage lors de la virémie faible est en outre souligné par le fait que la majorité des patients n’avaient pas d’isolats dans lesquels une résistance significative a été détectée Bien que l’absence de résistance n’exclue pas la présence de résistance en particulier, la présence de mutations de résistance stockées dans les réservoirs cellulaires, Comme l’indique le tableau, les régions protéase et RT d’une médiane et de clones, respectivement, ont été analysées par patient. Chez la majorité des patients étudiés, aucune résistance n’a été observée. a été détectée, malgré une virémie récurrente, détectable et de bas niveau. L’absence de mutations Ces patients n’étaient pas le résultat d’une diminution de l’adhérence au moment de l’échantillonnage génotypique. En fait, le jour de l’échantillonnage, la plupart des patients avaient une pVL de & lt; copies / mL table Ces résultats suggèrent que, chez certains patients recevant HAART, une faible virémie de – copies / mL n’était pas associée à des mutations persistantes, dominantes, pharmacorésistantes. Les patients avec et les patients sans isolats VIH avec une résistance significative étaient similaires en ce qui concerne Cependant, les Afro-Américains étaient plus susceptibles d’avoir une résistance que les Blancs non hispaniques. P = la race afro-américaine était aussi associée à une plus courte durée de la virémie de bas niveau P =, une plus longue durée de l’utilisation de l’IP P =, l’exposition aux médicaments antirétroviraux avant le régime HAART actuel P =, et la réception d’antirétroviraux antirétroviraux antérieurs, c’est-à-dire que pVL était & gt; copies / mL P = données non affichées

Tableau View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques démographiques des patients présentant une virémie persistante, détectable, de bas niveau, stratifiée par le niveau de résistance au traitement antirétroviral HAART reçu pendant l’étudeTable View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques démographiques des patients présentant une virémie persistante, détectable, de bas niveau, stratifiée Les caractéristiques de la durée, de l’amplitude et du pic des pVL, ainsi que le nombre initial de cellules CD, la numération des nadir et le changement au cours de la virémie faible n’ont pas différé entre les patients avec des isolats significatifs. résistance et ceux qui n’ont pas de tels isolats tableau

Tableau View largeTélécharger diapositiveVariose virale plasmatique pVL et caractéristiques du nombre de cellules CD chez les patients présentant une virémie persistante, détectable et de bas niveau, stratifiée selon le niveau de résistance au traitement antirétroviral HAART reçu au cours de l’étudeTable View largeTélécharger le virusPlasma patients présentant une virémie persistante, détectable et de bas niveau, stratifiée par le niveau de résistance au traitement HAART reçu au cours de l’étude. Les caractéristiques du traitement actuel étaient similaires entre les patients et les patients sans tableau de résistance, mais les antécédents de traitement différaient entre les groupes. les isolats résistants étaient plus susceptibles d’avoir reçu des antirétroviraux antirétroviraux antirétroviraux antérieurs, au moins des pVL consécutives de & gt; Les patients qui étaient naïfs aux médicaments antirétroviraux avant l’administration du traitement antirétroviral pendant l’étude étaient moins susceptibles d’avoir des isolats résistants. P = Antécédents d’antirétroviraux non antirétroviraux, p. ex. zidovudine en monothérapie et antirétroviraux antérieurs HAART avec au moins des pVL consécutives de & gt; copies / mL n’étaient pas associés à une probabilité accrue d’avoir des isolats résistants aux schémas HAART actuels

Tableau View largeTéléchargement de diapositives Caractéristiques de traitement pour les patients présentant une virémie persistante, détectable et de bas niveau, stratifiée selon le niveau de résistance au traitement HAART reçu au cours de l’étudeTable View largeTéléchargement slideCaractéristiques de traitement pour les patients présentant une virémie persistante, détectable et de bas niveau, stratifiée par niveau de résistance au traitement HAART reçu au cours de l’étude

Discussion

Le niveau de réalisation atteint permettrait aux professionnels de la santé de déterminer comment modifier le traitement antirétroviral HAART pour éviter l’accumulation de mutations supplémentaires, comme dans les rapports publiés précédemment sur la résistance génotypique au cours de la virémie à faible niveau , mutations RT spécifiquement , MV et ML / TY – étaient particulièrement fréquentes chez les isolats provenant de patients présentant une virémie détectable de bas niveau. Il est préoccupant que des isolats de notre population aient également montré une fréquence élevée de la mutation KR au cours d’une virémie détectable de bas niveau. La KR peut être associée à l’utilisation du ténofovir DF, de l’abacavir et de la didanosine dans des associations n’incluant pas les analogues de la thymidine, qui limiteraient l’acquisition de cette mutation. Étude complémentaire de l’étiologie et des conséquences de la virémie détectable de bas niveau en l’absence de résistance génotypique est nécessaire Dans notre étude, les patients qui n’avaient pas d’isolats avec des mutations de résistance ont été en mesure de maintenir une médiane pVL de copies / mL pour une durée médiane de & gt; mois sans détection d’isolats qui ont développé une résistance Il semble qu’un pVL persistant légèrement & gt; copies / mL peut ne pas toujours conduire à l’évolution de mutations de résistance aux médicaments détectables, même pendant cette période prolongée Cette étude n’a pas été conçue pour différencier les mutations sélectionnées par les schémas antirétroviraux antérieurs et celles reçues au cours de l’étude. Pour les patients sans signes génotypiques de pharmacorésistance, la puissance du médicament, l’observance thérapeutique et la biodisponibilité doivent être maximisées. L’amélioration de la technologie de test de résistance génotypique disponible pour les cliniciens sera essentielle pour différencier les patients et les patients. sans virus résistant durant la virémie à faible niveau Nous avons également examiné les corrélats cliniques de résistance chez les isolats provenant de patients présentant une virémie persistante, détectable et de faible niveau. antirétroviraux antirétroviraux antirétroviraux antirétroviraux antirétroviraux avant l’administration du traitement antirétroviral administré pendant l’étude et durée de l’exposition. à dru antirétroviral gs, en particulier les inhibiteurs de protéase, sont associés à la résistance Tous ces résultats correspondent à la compréhension actuelle de l’histoire naturelle du développement de la résistance antirétrovirale. Il est surprenant qu’une précédente exposition antirétrovirale non HAART n’ait pas prédit de résistance, malgré le fait que certains patients previous NRTI en monothérapie Cette constatation inattendue peut s’expliquer en partie par la difficulté de déterminer rétrospectivement le degré de suppression virale obtenu par l’exposition à un traitement antirétroviral non HAART. Les mesures pVL n’étaient pas disponibles lorsque la monothérapie était prescrite et il est difficile d’accéder rétrospectivement au patient. Il est important de noter que ni les changements de pVLs ni les changements de numération des CD ne distinguent les patients sans isolats ayant une résistance génotypique au cours d’une virémie persistante de bas niveau. Nous avons trouvé une association inattendue entre la race afro-américaine et la résistance. l’exposition aux médicaments antirétroviraux avant la multithérapie antirétrovirale actuelle et l’antériorité du traitement antirétroviral non suppressif expliquent probablement l’association entre la race et la résistance. Malheureusement, la petite taille de l’échantillon a limité notre capacité à utiliser un modèle multivarié Ces variables permettent d’examiner plus en détail l’association entre race et résistance. Trois des patients de cette cohorte avaient des isolats avec des preuves génotypiques de résistance à tous les médicaments du régime HAART reçus pendant l’étude, mais leur pVL restait supprimé. Le mécanisme de ce phénomène est En outre, l’amélioration de la sensibilité des dosages phénotypiques et des mesures de la capacité de réplication aidera à comprendre quels médicaments antirétroviraux restent efficaces dans ces situations. En conclusion, une virémie persistante, détectable et de bas niveau a été associée. avec le développement En raison des limites technologiques des laboratoires commerciaux de génotypage, les cliniciens doivent actuellement faire des suppositions éclairées quant à la présence de résistance chez les isolats du VIH provenant de patients atteints de virémie faible. Cette étude a utilisé de nouvelles techniques ultrasensibles. tests de génotype au niveau clonal pour confirmer qu’une virémie détectable de bas niveau est fréquemment, mais pas toujours, associée à une résistance. Nous avons constaté que le traitement antirétroviral antérieur non suppressif, l’exposition aux médicaments antirétroviraux avant le traitement antirétroviral actuel et une exposition prolongée aux inhibiteurs de protéase ont été associés à la présence de résistance Les résultats de cette étude soulignent l’importance d’améliorer la technologie du génotype et de démontrer de multiples applications cliniques pour de tels génotypes ultrasensibles lorsqu’ils sont disponibles

Remerciements

Soutien financier L’Institut National des Allergies et des Maladies Infectieuses octroie des subventions T et AI à REN, des subventions du RI et du K-DA à RDM et des Instituts Nationaux de Santé AI et AI et Doris Duke Charitable Foundation à RFS

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